Налоговая подала на меня в суд о восстановлении срока и взыскания за должности, прошло уже 3 года.

Заявляйте в суде о применения срока исковой давности.

ГК РФ Статья 199. Применение исковой давности

1. Требование о защите нарушенного права принимается к рассмотрению судом независимо от истечения срока исковой давности.

2. Исковая давность применяется судом только по заявлению стороны в споре, сделанному до вынесения судом решения.

Истечение срока исковой давности, о применении которой заявлено стороной в споре, является основанием к вынесению судом решения об отказе в иске.

Всего хорошего.