Отсутствие квитанции на транспортный налог в течение трех лет - будут ли начислены пени?

Добрый день! Да, могут начислить, поскольку у Вас просрочка, обязанность по уплате налога возникает с момента регистрации автомобиля, но Вы можете отправить в налоговую заявление и попросить освободить Вам от уплаты пени, и объяснить ситуацию.

Ч. 2 ст. 409 НК РФ

Налог уплачивается по месту нахождения объекта налогообложения на основании налогового уведомления, направляемого налогоплательщику налоговым органом.

Если не направляли, то вины вашей нет, т.е. нет оснований для пеней и штрафов

Если не получали Вы, то обязанность уплатить штрафы и пени закономерна.