Непонятно из вашего вопроса, какая связь между оформлением права собственности на коммерческую недвижимость, и выплатой всех денег по договору займа и как между собой связаны это недвижимости займ.
Если рассуждать логически, то вполне возможно оформить право собственности в данной ситуации.