Проблема с оплатой и корректировкой счета-фактуры - кто прав в данной ситуации?

У нас сложилась такая ситуация с контрагентом: Состоим с ним в договорных отношениях (аренда недвижимого имущества - несколько точек) . Оплата по договорам не позднее 20 числа следующего за отчетным. Был месяц когда мы оплатили сумму авансом и не указывали в назначении платежа по какому договору. Контрагент у себя эту сумму разбил на все договора пропорционально но нам предоставил одну счет фактуру на всю сумму. Эту счет фактуру мы отразили в декларации по НДС. А они соответственно несколько. Теперь налоговая звонит и просит или нас или их предоставить корректировочный расчет. Мы соответственно не хотим делать корректировку, чтобы не попасть на три месяца в камеральную проверку у ИФНС, о чем уведомили контрагента. Контрагент в свою очередь угрожает нам тем, что сумму зачислит на один какой то договор, а по остальным нам начислит пеню (в договоре пеня указана) . Хотя у нас есть подписанный акт сверки на более позднюю дату, чем была оплата. Правомерно ли поступит контрагент начислив нам пеню?