Добрый день,
Фонды регистрирует Минюст. Пишете устав, находите помещение, где будете располагаться, собираете пакет документов и подаёте. О том, какие нужны документы, в большом количестве есть в Интернете. Если хотите под ключ, то нужно обращаться очно к юристам или регистраторам.