Как получить справку о полной выплате пая, если первый пайщик организация больше не существует и нет платежных документов?

Обязательство прекращается полностью или частично зачетом встречного однородного требования, срок которого наступил либо срок которого не указан или определен моментом востребования. В случаях, предусмотренных законом, допускается зачет встречного однородного требования, срок которого не наступил (ст. 410 ГК РФ).

Для зачета достаточно заявления одной стороны (ст. 410 ГК РФ). При этом для того, чтобы зачет состоялся, необходимо, чтобы заявление было получено второй стороной (п. 4 Обзора практики разрешения споров, связанных с прекращением обязательств зачетом встречных однородных требований (Приложение к Информационному письму Президиума ВАС РФ от 29.12.2001 N 65)).

Стороны вправе также оформить двустороннее соглашение о взаимозачете (ст. 421 ГК РФ).

Таким образом, оформляйте от вашего ЮЛ заявление об одностороннем зачете.