Если она стала бывшим членом семьи собственника жилого помещения, то ее можно признать утратившей право пользования имуществом по статье 31 Жилищного Кодекса Российской Федерации. А потом уже снимите с учета на основании решения суда.
Да, можно, как бывшего члена семьи, собственнику жилого помещения нужно подать иск (если отказывается добровольно выписаться) о признании утратившей право пользованием жилым помещением и о снятии с рег. учета.
Если невестка не собственник, то можно выписать через суд. Дети вправе быть прописаны там где и отец. Удачи Вам и всего всего самого наилучшего.
У несовершеннолетних детей остается право пользования домом. Соответственно, и право быть зарегистрированными. Бывшую супругу есть возможность через суд выписать. Удачи в процессе.