Какие меры может предпринять работодатель по отношению к подчиненному, если рабочего не было на рабочем месте в течение 3 часов?

Все зависит от того что это за работа, что прописано в должностной инструкции. Может есть коолективное соглашение. Вообще могут поставить прогул или неполный рабочий день в табеле учета рабочего времени.

Например, может объявить строгий выговор. Если бы еще час прогуляли, то было-бы основание уволить Вас по статье "за прогул".