Проблемы с приватизацией умерших родителей и опекуна могут возникнуть, если несовершеннолетний прописан в разных городах

Постоянная регистрация должна быть в одном месте

Какого рода проблем вы ожидаете? И как он может быть прописан в двух местах? В одном из них - временно? Тогда проблем с приватизацией квартиры, где он зарегистрирован постоянно, не возникнет