В какой суд подавать иск о взыскании средств по агентскому договору?

Можно в Мировой суд по месту нахождения ответчика.

Мировой судья рассматривает в качестве суда первой инстанции:

дела по имущественным спорам, за исключением дел о наследовании имущества и дел, возникающих из отношений по созданию и использованию результатов интеллектуальной деятельности, при цене иска, не превышающей пятидесяти тысяч рублей (ст. 23 ГПК РФ). По месту жительства ответчика.