Можно ли обратиться в суд с требованием признания владельца автомобиля добросовестным покупателем и снятия ограничений на постановку на учет?

Алексей, такой иск ( способ защиты) будет неправильный. У вас договор к-п и в рамках этого обязательства вы должны разбираться с продавцом (например, требовать расторжения, но, к несчастью деньги будет сложно вернуть). Лицо, в пользу которого наложен арест обладает правами залогодержателя (если вступило в законную силу судебное решение) - п. 5 ст. 334 ГК РФ, ст. 174.1 ГК РФ. Т.е. ваше авто может оказаться в залоге и на него м.б. обращено взыскание. При обращении взыскания на авто нормы ГК РФ (ст. 352 ГК РФ) позволяют "стряхнуть" залог при условии, что лицо не знало и не должно было знать, что это имущество является предметом залога. Вот здесь и будет выясняться ваша добросовестность: проверяли ли вы перед заключением дкп авто на предмет залогов ,арестов ит.п