Законно ли строительство второго этажа над гаражом.

Если есть разрешения, то да

Олег, во-первых нужно решить вопрос позволяет ли назначение земельного участка, на котором стоит гараж, осуществлять строительство. Если с землей все в порядке, то можете по т.н. "дачной амнистии" (без получения разрешения на строительство)