Да, можно уволиться через военкомат с части, если признали не годным к военной службе (категория «Д»).

Согласно пункту 1 статьи 51 Федерального закона от 28.03.1998 №53-ФЗ «О воинской обязанности и военной службе», военнослужащий подлежит увольнению с военной службы по состоянию здоровья — в связи с признанием его военно-врачебной комиссией не годным к военной службе.

Ан Иков, нельзя уволиться через военкомат. Указ Президента РФ от 16.09.1999 N 1237 (ред. от 10.10.2024) "Вопросы прохождения военной службы" (вместе с "Положением о порядке прохождения военной службы"). Статья 34. Порядок увольнения военнослужащих с военной службы и исключения их из списков личного состава воинской части

Увольнение через командира в/ч в которой проходит службу.