Вы же сами рассчитываете неустойку на день подачи иска, а затем уточните исковые требования и просите взыскать неустойку по день фактического исполнения обязательства - это способ мотивировать должника исполнить обязанности в кратчайшие сроки.

В требованиях прописать неустойку до момента фактического исполнения. Каждое судебное заседание можете давать суду новый расчет. Судьи сами считать не любят.