Выделить доли детям вы можете, не зависимо от того, что дом признан аварийным. Во-первых, на момент получения маткапитала дом таким не был, ПФ РФ одобрил выдачу маткапитала и сделку по покупке квартиры. Подавайте документы на выделение долей. Получите письменный ответ по этому вопросу. Если получите отказ, обжалуйте его в суде. Можно при отказе обратиться в прокуратуру для защиты прав несовершеннолетних.

При получении новой квартиры доли будут выделены каждому члену семьи, т.е., если дети остаются с вами после развода, то вы с детьми будете иметь в новой квартире соответствующую площадь.

На временный фонд стоит соглашаться, если в аварийном доме проживать невозможно, опасно. При заключении договора на временный фонд важно, чтобы в договоре был установлен срок, ограничивающий проживание в нем, т.е. администрация должна взять обязательство по окончании этого срока предоставить новую квартиру в собственность.