Здравствуйте, да, квартира пойдет в конкурсную массу.

Пока гражданин проходит воинскую службу, он не отвечает перед банком, а банкротство не влечет изъятия ипотечной квартиры. Включение жилья в военной ипотеке в конкурсную массу освещено в пояснениях Верховного суда РФ:

такая квартира признается единственным жильем;

банк не заявляет в реестр кредиторов при банкротстве, так как его интересы не страдают.