Данное предприятие должно было составить План СЗЗ и зарегистрировать его в Роспотребнадзоре. Его следует изучить, что-бы делать выводы. Если Ваша информация соответствует указанной в Плане, а ЗУ и недвижимость на нем (если имеется) были поставлены на кадастровый учет ранее, можно выходить с иском в суд о выплате компенсации, либо выкупе ЗУ предприятием, выяснить разрешенные виды использования земли на которой построено предприятие, обратиться также в Природоохранную Прокуратуру с требованием о проверке законности строительства завода, подключить СМИ к решению проблемы и т. д.

Ну что вам сказать, куда бы вы не обращались завод не уберут - вы должны это понимать. Шансы на такой исход дела мизерны, а вот отсудить у завода недополученную прибыль из-за нарушения ваших прав - очень даже возможно. Так что в суд вам надо обращаться.