Здравствуйте.

Должностные лица вашей войсковой части ошибаются. В приказе Министра обороны РФ от 27 декабря 2017 г. № 815 "Об определении Порядка, случаев и особенностей оформления, выдачи и использования воинских перевозочных документов..." ничего не сказано про то, что супруга должна быть обязательно зарегистрирована там, где вы проходите военную службу.

Если ваше командование сомневается, то пусть позвонить ревизорам в управление военных сообщений военного округа (ВОСО). Вы же вправе подать жалобу в военную прокуратуру гарнизона.

Отсутствие регистрации супруги по месту службы при условии фактического ее проживания по месту службы не является препятствием для оформления впд на последнюю.