И отказ совершенно законен. Право на отпуск на обучение, у вас возникнет по истечении первого контракта (после 3 лет службы).

Служба в армии по контракту и учёба непонятно где и зачем - вещи параллельные... Не верите - военный прокурор и гарнизонный военный суд развеют Ваши сомнения...

Да, к сожалению, они правы, учебный отпуск предоставляется тем, что поступил в вуз по согласованию с командиром, имея срок службы не менее 3-х лет