Если больше ничего плохого не делал, то только из-за этого на учет не поставят.

Уничтожение и (или) повреждение чужого имущества влекут как административную (ст.7.17 КоАП РФ), так и уголовную (ст.167 УК РФ) ответственность. То есть формально Ваш ребенок совершил правонарушение, что, конечно же, может повлечь постановку на учет в ПДН и КДН

ну ПДН очень посмеется над вопрос постановки на учет из-зи разрисованной парты, если было только это. А Учет в ОУ что означает, ознакомьтесь в локальным актом учреждения по этому вопросу.