Добрый день.

Согласно ст.220 НК РФ

2. Имущественный налоговый вычет, предусмотренный подпунктом 1 пункта 1 настоящей статьи, предоставляется с учетом следующих особенностей:

1) имущественный налоговый вычет предоставляется: в размере доходов, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи жилых домов, квартир, комнат, включая приватизированные жилые помещения, садовых домов или земельных участков или доли (долей) в указанном имуществе, находившихся в собственности налогоплательщика менее минимального предельного срока владения объектом недвижимого имущества, установленного в соответствии со статьей 217.1 настоящего Кодекса, не превышающем в целом 1 000 000 рублей;

Поэтому вправе получить вычет.

Нет, только 500 тр можно отнять.

Так как 1 млн отнимается от цены продажи всего объекта

В случае продажи имущества, находящегося в общей долевой, имущественный налоговый вычет в размере 1 млн распределяется между совладельцами этого имущества пропорционально их доле. Следовательно, Вы и Ваш племянник уменьшаете доход на 500 тыс. каждый.