Квартира приватизирована три года назад и всё это время платил за наем, как вернуть деньги (обязательно в суд?)

Если Вы предоставляли в Жилищное агентство свидетельство о праве собственности, то они должны сделать перерасчет. Вы должны были поставить их в известность.