Протокол согласования разногласий

Дмитрий, если проигнорировать, то договор не заключен

Если договор подписан без указания того что он есть то договор уже заключен

Здравствуйте, это зависит от содержания самого договора и протокола, что именно в нем согласовывается

Это Ваше право: подписывать или нет. На практике, если в целом Вас устраивает все, но небольшие не согласия есть, то можно направить свой протокол согласования разногласий-компромисс между редакцией договора и протокола согласования разногласий, который направила сторона договора. Удачи