Почему школы не принимают справки об освобождении от физкультуры из частных клиник?

Нет никакого приказа. Это самоуправство. Жалуйтесь в прокуратуру.

Пишите жалобу на отказ в Прокуратуру

А, что Вам мешает не бодаться со школой, а сходить в гос-поликлинику и взять такую справку?!