Я не успеваю выполнить обязательство о выделении долей на детей по материнскому капиталу, чем мне это грозит.

По сути дела ничем. В практике обычно доли выделяются гораздо позднее 6-ти месячного срока.

Пусть и с опозданием, но выделить их необходимо.

Если вы подали документы на оформление долей, этим вы уже исполняете свои обязательства.