Потерял паспорт Кыргызстана и нахожусь в данный момент в Санкт-Петербурге как уехать на родину.

Надо получить документы на выезд и уехать. В целом эту проблему может решить специалист, который хорошо разбирается в Административном регламенте ФМС России по предоставлению государственной услуги по регистрационному учету граждан (приказ ФМС России от 11 сентября 2012 г. № 288). Нужны подробности - напишите в почту или позвоните. Удачи!